Het plot volgt voor een groot deel de eerste zes afleveringen van de originele Evangelion serie. Shinji Ikari komt aan in Tokyo-3. Hij komt midden in een gevecht tussen de U.N. Army en de Fourth Angel (Thrid in de originele serie). Zijn vader Gendo, Surpreme Commander van NERV, wil dat hij Evangelion Unit-01 gaat besturen omdat de originele piloot te erg gewond is na zijn gevecht.

Wanneer Thomas wakker wordt, zit hij met een groep jongens gevangen in een gigantisch labyrint dat voortdurend verandert. Van de buitenwereld herinnert hij zich niets meer, behalve vreemde dromen over een mysterieuze organisatie genaamd W.C.K.D. Door fragmenten van zijn verleden te verzamelen met aanwijzingen die hij in het labyrint vindt, moet Thomas samen met de andere 'renners' een manier zien te vinden om te ontsnappen.

In een wereld waar geld niet bestaat en tijd het betaalmiddel is zijn er twee mogelijkheden: eeuwig leven of sterven terwijl je dat probeert. Will wordt valselijk beschuldigd van moord als hij een corrupt systeem ten val probeert te brengen. Ondertussen moet hij, samen met Sylvia, vechten voor zijn leven in een race tegen de klok? waarbij elke seconde telt.

Neo, Trinity en Morpheus en andere helden staan op de rand van de zege of de vernietiging in hun epische oorlog tegen de Machines, het verbluffende sluitstuk van de Matrix-trilogie. Neo's missie is te gaan waar geen mens hem ooit voorging naar het hart van Machine City, waar hij een meedogenloze strijd moet aanbinden met het op hol geslagen en enorm in kracht toegenomen programma Smith. De revolutie is nu: The Matrix Revolutions.

Voor het eerst verlaten Tris en Four de enige stad en familie die ze ooit gekend hebben. Ze vluchten naar de andere kant van de muur die Chicago omringt. Wat ze daar ontdekken, stelt alles in vraag wat ze dachten te weten. Wanneer ook in deze wereld een genadeloze strijd losbarst die de hele samenleving bedreigt, moeten Tris en Four razendsnel uitmaken wie ze kunnen vertrouwen.