Voor het eerst verlaten Tris en Four de enige stad en familie die ze ooit gekend hebben. Ze vluchten naar de andere kant van de muur die Chicago omringt. Wat ze daar ontdekken, stelt alles in vraag wat ze dachten te weten. Wanneer ook in deze wereld een genadeloze strijd losbarst die de hele samenleving bedreigt, moeten Tris en Four razendsnel uitmaken wie ze kunnen vertrouwen.

Het plot volgt voor een groot deel de eerste zes afleveringen van de originele Evangelion serie. Shinji Ikari komt aan in Tokyo-3. Hij komt midden in een gevecht tussen de U.N. Army en de Fourth Angel (Thrid in de originele serie). Zijn vader Gendo, Surpreme Commander van NERV, wil dat hij Evangelion Unit-01 gaat besturen omdat de originele piloot te erg gewond is na zijn gevecht.

Het is het jaar 2067 en de aarde lijdt onder een enorme klimaatcrisis en een wijdverpreide ziekte veroorzaakt door bijwerkingen van een synthetische zuurstof. Wanneer arbeider Ethan Whyte een mysterieus radiosignaal uit de toekomst onderschept moet hij zijn doodzieke vrouw achterlaten en via een reis door de tijd zijn diepste angsten onder ogen zien in een poging de aarde te redden van de ondergang.

Na haar overwinning in de 74ste Jaarlijkse Hongerspelen met haar metgezel Peeta Mellark is Katniss Everdeen veilig naar huis teruggekeerd. Deze overwinning betekent echter dat ze opnieuw weg moeten en hun familie moeten achterlaten om op een 'Overwinningstournee' door de districten te trekken. Onderweg merkt Katniss dat een opstand op til is, maar de Hoofdstad is nog steeds aan de macht wanneer President Snow de 75ste Jaarlijkse Hongerspelen voorbereidt - een wedstrijd die Panem voorgoed kan veranderen.