In Iron Man 3 krijgt de breekbare maar briljante Tony Stark te maken met een vijand wiens bereik geen grenzen kent. Wanneer Tony's persoonlijke leven wordt vernietigd, begint hij aan een ingrijpende zoektocht naar de verantwoordelijke. Deze reis zal telkens zijn moed testen. Met zijn rug tegen de muur is hij overgelaten aan zijn eigen apparaten en vindingrijkheid en moet Stark ervoor zorgen dat hij en zijn dierbaren het overleven. Terwijl Tony probeert terug te vechten ontdekt hij het antwoord op de vraag die hem al jaren achtervolgt: Maakt de man het pak of maakt het pak de man?

De extended edition is 11 minuten langer met scènes van Peter op school, meer Charlie Cox's Daredevil en meer van de andere Spider-Men! De film wordt ook geopend met een dank van de 3 acteurs en afgesloten met een nieuwe post-credit scene! Nu de ware identiteit van Spider-Man is prijsgegeven, kan Peter zijn normale leven niet langer meer scheiden met dat van zijn rol als superheld. Hij schakelt vervolgens de hulp van Dr. Strange in om dit alles ongedaan te maken. Dit brengt echter enorme risico's met zich mee, waarbij hij gedwongen wordt te ontdekken wat werkelijk nodig is om Spider-Man te zijn.

Tony Stark is een multi-miljardair, industrialist en bovenal een geniale uitvinder. Hij wordt ontvoerd en gedwongen om een verschrikkelijk wapen te bouwen. In plaats daarvan construeert hij een ingenieus ijzeren pak waarmee hij weet te ontsnappen. Als hij terugkeert in de V.S ontdekt hij een wereldwijd complot dat de stabiliteit van de wereld in gevaar brengt. Onder zijn alias, 'Iron Man', probeert hij het tij te keren.