De extended edition is 11 minuten langer met scènes van Peter op school, meer Charlie Cox's Daredevil en meer van de andere Spider-Men! De film wordt ook geopend met een dank van de 3 acteurs en afgesloten met een nieuwe post-credit scene! Nu de ware identiteit van Spider-Man is prijsgegeven, kan Peter zijn normale leven niet langer meer scheiden met dat van zijn rol als superheld. Hij schakelt vervolgens de hulp van Dr. Strange in om dit alles ongedaan te maken. Dit brengt echter enorme risico's met zich mee, waarbij hij gedwongen wordt te ontdekken wat werkelijk nodig is om Spider-Man te zijn.

De jonge Charlie McGee probeert erachter te komen hoe ze op mysterieuze wijze de krachten heeft verworven objecten met haar geest in vuur en vlam te kunnen zetten. Een schimmige overheidsorganisatie, genaamd The Shop, weet Charlie te traceren en probeert haar gevangen te nemen om te bestuderen en als wapen te gebruiken. Samen met haar vader gaat ze op de vlucht en proberen ze om uit handen te blijven van deze organisatie.