Sinds het ontstaan van de beschaving wordt Apocalypse, de eerste en meest krachtige mutant uit het Marvel-universum, aanbeden als een god. Hij vergaart de krachten van een groot aantal andere mutanten en wordt daarmee onsterfelijk en onoverwinnelijk. Als Apocalypse na duizenden jaren ontwaakt is hij teleurgesteld in de wereld. Hij rekruteert een team van krachtige mutanten om de mensheid te onderwerpen en een nieuwe wereldorde te creëren waar hij over zal regeren.

Wanneer een naderende wereldwijde catastrofe de mensheid dreigt te vernietigen heeft John Garty slechts vier dagen tijd om zijn gezin in veiligheid te brengen. Terwijl de klok genadeloos tikt en de maatschappij wanhopig vervalt in chaos moet hij alles uit de kast halen om zijn familie van New York naar een geheime militaire bunker in Groenland te brengen.

Het is veertien jaar na de 'Derde Impact'. De Angels vallen nog steeds de mensheid aan. Shinji Ikari is gered van het Evangelion Unit-01 en merkt dat de wereld niet ten goede is veranderd. Alles ligt in puin, zijn voormalige bondgenoten van NERV zijn hem vijandig en Rei Ayanami, het meisje waar Shinji alles voor heeft geriskeerd, is nergens te vinden. Terwijl hij probeert zich aan te passen aan de nieuwe wereld ontmoet Shinji de raadselachtige Kaworu Nagisa. Samen met hem gaan ze op zoek naar Rei en naar de verschrikkelijke waarheid achter de Angels, NERV en de Evangelions.