De Bad Boys komen een nieuw drugskartel van XTC op het spoor waardoor ze niet alleen de straten van Miami 'onveilig' maken, maar ook het binnenland van Cuba op z'n kop zetten. De zaak wordt extra ingewikkeld als blijkt dat de zus van Marcus niet alleen betrokken is bij de drugsbende, maar ook een geheime relatie heeft met Mike.

In The Bourne Identity probeerde hij erachter te komen wie hij was. In The Bourne Supremacy nam hij wraak voor wat hem was aangedaan. En nu komt hij thuis... en kan alles weer terughalen. Treadstonem, het ultra geheime programma dat deze supermoordenaar creëerde, is opgeheven en wordt nu voortgezet onder een andere naam: Blackbriar. Voor Bourne vormen zij de enige schakel met een leven dat hij vergeefs tracht te vergeten. Uiteindelijk belandt hij waar alles begon en waar het ook zal moeten eindigen.

Frank Martin is de beste in wat hij doet: het vervoeren van gevaarlijke of illegale goederen. Daarbij gelden de gouden regels: "stel geen vragen? en "open nooit je colli?. Als deze regels worden overtreden, betekent dat de dood. Maar zijn laatste zending, een mooie jonge vrouw, gekidnapt door internationale slavenhandelaars, dwingt hem de regels te overtreden en zorgt voor levensgevaarlijke complicaties bij zijn bezorgplannen.