In de jaren 1890 reist de arts Grace Burnham van New York naar een afgelegen plantage. Ze zal er de zorg dragen voor een gekwelde jongen die over onverklaarbare talenten beschikt. Door zich over hem te ontfermen, haalt ze zich de woede van de lokale priester op de hals. Hij gelooft dat het kind door de duivel bezeten is en de oorzaak van alle ellende in het dorp. Er ontketent zich een oorlog tussen wetenschap en religie.

The Lighthouse speelt zich af in New England van 1890. Twee vuurtorenwachters zitten voor lange tijd vast op het door mist omgeven eiland. Wanneer er een storm losbarst proberen ze de tijd te doden door veel alcohol te drinken, dat wakkert allerlei demonen bij hun aan, langzaam beginnen zij elkaar steeds meer te verachten.