Meer dan een jaar na de gebeurtenissen in het vorige deel wordt Miles Morales onverwachts bezocht door zijn vriendin Gwen Stacy. Al gauw wordt hij meegezogen in een missie om alle universums te redden van de Spot, een gevaarlijke maar onervaren tegenstander, die een catastrofale ramp kan veroorzaken. Miles en Gwen reizen samen door het multiversum en ontmoeten hun beschermers, een groep Spider-People die bekend staat als de Spider-Society, geleid door Miguel O'Hara.

Rhoda Williams, een intelligente jonge vrouw die pas is afgestudeerd in de astrofysica, droomt ervan de ruimte te verkennen. Aan de vooravond van de ontdekking van een planeet die lijkt op de aarde, krijgt Rhoda een auto-ongeluk terwijl ze naar de lucht tuurt op zoek naar de planeet. Het ongeluk heeft een dodelijke afloop: de vrouw en zoon van John Burroughs komen om het leven. Wat later komt John Rhoda tegen zonder te weten wie ze is. Ze beleven een intense relatie, tot John de waarheid ontdekt...

De wereld van Roland Deschain valt uit elkaar. Eens werd deze gekenmerkt door vergaande magie en technologie, maar beiden lijken slechts relieken uit het verleden te zijn. Om de wereld te redden is hij op een zoektocht naar de Donkere Toren, een verbindingspunt van alle universa. Hij moet de Donkere Toren vinden, voordat de slechterik, Man in Black, dat doet en de toren vernietigt. Dit zou namelijk het einde van de mensheid betekenen.

Een gezellig feestje draait al snel uit op een dodelijke afloop voor Jude en June nadat ze onder druk worden gezet om het spel: Seven Minutes in Heaven te spelen. Wanneer ze de kast uit komen, ontdekken ze dat ze niet langer in hun eigen wereld zijn, maar in een wereld waar iedereen een nare agressieve versie is van zichzelf. Door samen te werken met de enige die ze vertrouwen, proberen ze de weg terug te vinden naar hun eigen wereld voordat ze vast komen te zitten in deze surrealistische horror dimensie.

Nu de ware identiteit van Spider-Man is prijsgegeven, kan Peter zijn normale leven niet langer meer scheiden met dat van zijn rol als superheld. Hij schakelt vervolgens de hulp van Dr. Strange in om dit alles ongedaan te maken. Dit brengt echter enorme risico's met zich mee, waarbij hij gedwongen wordt te ontdekken wat werkelijk nodig is om Spider-Man te zijn.

Ana is op haar werk wanneer ze door een kortsluiting in een andere realiteit terechtkomt. Haar pad kruist dat van een vrouwelijk soldatenteam dat in een langdurige strijd verwikkeld is. Ze voegt zich bij deze groep en ontdekt een nieuw soort vrijheid. Tegelijk beseft ze dat ze niet uit hetzelfde hout gesneden is als haar teamgenoten waardoor ze een manier moet vinden om zich een weg terug naar haar eigen wereld te banen.

Loretta, Gerry, Danny en Amy zijn vier briljante universiteitsstudenten. Ze houden zich bezig met wetenschappelijke experimenten waarbij ideeën van telepathie tot de vreemde implicaties van geavanceerde natuurkunde worden getest, maar altijd in de geest van plezier en avontuur. Als ze op een avond een nieuw apparaat uittesten, komt Loretta op tragische wijze te overlijden. Vijf maanden later verschijnt ze plotseling weer, geen idee hebbende dat ze dood hoort te zijn. Het experiment - een excentrieke poging tot kwantumverstrengeling en parallelle universums - is gelukt, met alle monumentale gevolgen van dien.