200 jaar na haar dood wordt Ellen Ripley gekloond om DNA van de Alien Queen uit haar te halen. Het bedrijf dat dit financiert wil namelijk de Aliens als wapens gaan gebruiken. Helaas blijken de Aliens slimmer dan ze dachten en binnen de kortste keren moet Ripley met behulp van een aantal ruimtepiraten ervoor zorgen dat de Aliens niet op aarde terecht komen.

De wereld is vergaan door een jarenlange nucleaire oorlog. De overlevenden kunnen niet meer op de grond leven en zijn genoodzaakt om op wolkenniveau een nieuw bestaan op te bouwen. Beneden op de aarde leven aliens die tegen de straling kunnen. Soldaat Jack Harper is een van de laatste robotreparateurs op aarde als onderdeel van een grote operatie om belangrijke grondstoffen te verkrijgen. Zijn missie zit er bijna op, totdat hij een vreemdeling redt uit een neergestort ruimteschip...