De joodse Charlotte Salomon is een jong meisje uit Berlijn. Ze staat op het punt volwassen te worden wanneer de Tweede Wereldoorlog voor de deur staat. Ze is ontzettend getalenteerd en beschikt over een fantasierijke verbeelding waarmee ze hoopt kunstenaar te worden. Maar door de huidige situatie komt haar droom - en haar leven - in gevaar waardoor ze Berlijn voor Zuid-Frankrijk verruilt. Daar herneemt ze haar passie en vindt ze de liefde. Wanneer een familietragedie een geheim blootlegt, krijgt Charlotte de idee om haar levensverhaal op het doek weer te geven.

De teddyberen voeren een brute oorlog tegen onschuldig ogende eenhoorns, ingegeven door religieuze ijver en het geloof dat de eenhoorns het Magische Woud hebben gestolen. De arme Gordi, die in het leger is ingelijfd, heeft problemen met zijn lichaamsbeeld en een hart van goud. Maar zijn tweelingbroer Azulin, verontwaardigd omdat hij als tweede is geboren, is een ijdele psychopaat wiens ware aard wordt ontketend tijdens een legerexpeditie naar het Hart van Duisternis. Terwijl Gordi vriendschap sluit met een gewonde eenhoorn en vrede wil, wordt de brute Azulin een werktuig van het religieus-fascistische regime.