Het kwade ruimtewezen Diyatox is van plan om het levensgevaarlijke en beestachtige monster Maligore uit de vulkaan op het magische eiland Muiranthias te bevrijden. Om het eiland te kunnen bereiken heeft ze de speciale klrachten van de tovenaar Lerigot nodig.

De jonge Charlie McGee probeert erachter te komen hoe ze op mysterieuze wijze de krachten heeft verworven objecten met haar geest in vuur en vlam te kunnen zetten. Een schimmige overheidsorganisatie, genaamd The Shop, weet Charlie te traceren en probeert haar gevangen te nemen om te bestuderen en als wapen te gebruiken. Samen met haar vader gaat ze op de vlucht en proberen ze om uit handen te blijven van deze organisatie.

In een wereld waar geld niet bestaat en tijd het betaalmiddel is zijn er twee mogelijkheden: eeuwig leven of sterven terwijl je dat probeert. Will wordt valselijk beschuldigd van moord als hij een corrupt systeem ten val probeert te brengen. Ondertussen moet hij, samen met Sylvia, vechten voor zijn leven in een race tegen de klok? waarbij elke seconde telt.

14 jaar na de gebeurtenissen uit het eerste deel is er een hoop veranderd voor Jake en Neytiri, die ondertussen hun plekje hebben gevonden in het regenwoud van Pandora dat ze thuis kunnen noemen. De twee hebben samen drie Na'vi kinderen en een geadopteerd vierde mensenkind genaamd Spider. Jake en Neytiri doen er alles aan om dit gezin bij elkaar te houden, maar wanneer ze opnieuw bedreigd worden door RDA-mijnwerkers zijn ze gedwongen hun thuis te verlaten. Zo komen ze terecht in een geheel andere omgeving bij een rif, waar de Metkayina clan woont. Deze omgeving komt echter niet zonder gevaar, zeker niet wanneer blijkt dat het gezin van Jake en Neytiri zich bevindt in een cultuur die ze niet kennen.