Ballon is het waargebeurde verhaal van twee families die, ten tijde van de Koude Oorlog, in een race tegen de klok alles op alles zetten om van Oost- naar West-Duitsland te vluchten. Het is 1979 en in de toenmalige Duitse Democratische Republiek verlangen twee families naar vrijheid en een betere toekomst. Ze bedenken een gewaagd plan om met een zelfgemaakte luchtballon naar het Westen te vluchten.

Jan is 35 jaar getrouwd met Gedda. Gedda houdt zóveel van Jan dat hij het er benauwd van krijgt. Ze ziet het huwelijk als een vorm van begeleid wonen. In een poging meer ruimte te krijgen maakt Jan dermate rare sprongen dat hij zijn huwelijk letterlijk in een gesloten afdeling ziet veranderen. Dochter Liesbeth zit met haar afgepaste en jaloerse vriend in eenzelfde schuitje als haar vader.

De net afgestudeerde ingenieur Franz Walter krijgt een veelbelovend aanbod van de buitenlandse inlichtingendienst van de DDR. Hem wordt gevraagd de DDR te ondersteunen bij de voorbereiding van het komende WK-voetbal. In ruil daarvoor krijgt hij een hoogleraarschap aangeboden. Franz gaat op het aanbod in en belooft trouw te blijven aan het systeem. In zijn begeleider Dirk vindt hij een goedbedoelende mentor die hem bijstaat tijdens hun missies naar de Bondsrepubliek Duitsland. Eerst moet Franz alleen informatie doorspelen, maar al gauw wordt meer van hem verlangd.