Nieuwe avonturen van Peter Parker, sympathieke student, parttime fotograaf en superheld. Nadat hij in de vorige film geslaagd is voor zijn high-school diploma besluit Peter colleges te volgen aan de New Yorkse Empire State Universiteit. Terwijl hij met diverse persoonlijke problemen zit wordt hij geconfronteerd met de briljante Dr. Otto Octavius, die door een wetenschappelijk ongeluk met enkele mechanische tentakels in de slechte Doctor Octopus is veranderd.

Ex Machina laat een tijd zien in de niet al te verre toekomst waarin kunstmatige intelligentie echt tot leven komt. In het huis in de bergen van een begaafde internet miljardair doet een jonge man mee aan een experiment; het testen van kunstmatige intelligentie in het lichaam van een schitterende robot-vrouw. Het experiment wordt een psychologisch gevecht, een driehoeksverhouding, waarin loyaliteit wordt verscheurd tussen man en machine.

Het is tien jaar geleden sinds er een virus is uitgebroken dat een groot deel van de mensheid heeft uitgeroeid. De natie van genetisch gemanipuleerde apen onder leiding van Caesar blijft groeien en wordt bedreigd door de groep mensen die het dodelijke virus hebben overleefd. Ze lijken in vrede met elkaar te leven, maar dit blijkt van korte duur wanneer er een oorlog ontstaat die zal bepalen wie de heersende macht op de aarde zal zijn.