In X-Men: Days of Future Past vechten alle mutanten in twee tijdsperiodes om te zorgen dat hun ras voort blijft bestaan. De bekende personages uit de X-men trilogie vechten zij aan zij met hun jongere alter-ego's uit X-Men: First Class, in een episch gevecht dat het verleden zal veranderen, en daarmee hun toekomst zal redden.

Sinds het ontstaan van de beschaving wordt Apocalypse, de eerste en meest krachtige mutant uit het Marvel-universum, aanbeden als een god. Hij vergaart de krachten van een groot aantal andere mutanten en wordt daarmee onsterfelijk en onoverwinnelijk. Als Apocalypse na duizenden jaren ontwaakt is hij teleurgesteld in de wereld. Hij rekruteert een team van krachtige mutanten om de mensheid te onderwerpen en een nieuwe wereldorde te creëren waar hij over zal regeren.